Ist das nen Linux-Server mit grafischer Oberfläche?

Wie startest du den MC-Server denn? MC packt seine ganzen Daten im Normalfall in den WorkingDir der eben immer genau dort ist, von wo aus du den Server startest.
Was ist denn daran so "unnormal". Um ehrlich zu seien, nutze ich es für bestimmte Konfigurationen auch, da es die ein oder andere Annehmlichkeit bietet. (apt-get install gnome und dann mit VNC darauf zugreifen).
In diesem Fall würde ich es aber eindeutig über die Konsole machen, da ich wie ich finde die Ordnerstruktur viel besser ersichtlich ist. Minecraft speichert seine Dateien immer an dem Ort des Scripts wenn dieser z.B. in home/mc/ liegt dann werden dort auch die Dateien erstellt.
Außerdem rate ich Dir Minecraft oder Teamspeak nicht per "root" zu installieren.
Wenn Du Hilfe bei der Einrichtung oder Verwaltung brauchst, kann ich dir dabei gerne helfen
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